Основные судоходные пути в границах Беломорско-Онежского бассейна это: трасса Беломорско-Балтийского канала; трассы Онежского озера от пунктов Вытегра и Вознесенье до Повенца (шлюз № 1 ББК), Петрозаводска, Кондопоги, острова Кижи, реки Водла, а также соединительные хода озера Выгозеро от города Сегежа до основной трассы ББК и пункта отгрузки леса в поселке Валдай.