На содержании и обслуживании ФБУ «Администрация «Беломорканал» находится 3095,5 километров водных путей, входящих в перечень внутренних водных путей, утверждённый Распоряжением Правительства РФ № 1800-Р от 19.12.02. Из них 1690,5 км. имеют гарантированные габариты судового хода, в том числе к категории освещаемых относятся 598,0 км путей, в соответствии с Распоряжение Росморречфлота № АЛ-595-р от 27.12.2021г. «Об установлении категорий внутренних водных путей, определяющих для участков внутренних водных путей габариты судовых ходов и навигационно-гидрографическое обеспечение условий плавания судов, перечень судовых ходов, а также сроки работы средств навигационного оборудования и судоходных гидротехнических сооружений в навигацию 2022 года».
По классификации Российского Речного Регистра судоходные трассы, обслуживаемые ФБУ «Администрация «Беломорканал» проходят по водоёмам различных разрядов: «М» - Онежское озеро, «О» - озеро Выгозеро и «Л» - трасса ББК.
Беломорско-Балтийский канал был открыт 2 августа 1933 года. Он соединяет Белое море с Онежским озером. С первых дней своего существования канал приобрел большое экономическое значение, связав кратчайшим путем Белое море с системой водных путей северо-западной части РФ. С его постройкой водный путь из Санкт-Петербурга в Белое море сократился почти на 4000 км. Особое значение Беломорско-Балтийский канал приобрел после ввода в эксплуатацию Волго-Балтийского канала, когда вместе с Онежским озером он стал частью Единой глубоководной системы Европейской части РФ.
Трасса Беломорско-Балтийского канала проходит от поселка Повенец на Онежском озере до города Беломорск на Белом море. При строительстве канала были максимально использованы долины рек и многочисленные озера. Из общей протяженности канала, равной 220 км, искусственные судоходные участки составляют 40 км. На основных трассах Беломорско-Балтийского канала установлена гарантированная глубина судового хода 4 м, радиус закругления 500–750 м; ширина судового хода колеблется от 36 до 70 м, причем на некоторых озеровидных бьефах она увеличена до 100 м и более.
Онежское озеро является вторым по величине (после Ладожского) озером в Европе. Длина его 248 км (134 мили), ширина 89 км (48 миль), общая площадь 9 890 км2. Общая протяженность береговой черты 1480 км.
Основные трассы Онежского озера ведут от истока реки Свирь и от выхода в Онежское озеро Волго-Балтийского канала до Повенецкого рейда у входа в Беломорско-Балтийский канал. Протяженность этих путей соответственно равна 236 и 217 км.
Кроме основных путей, на Онежском озере и Беломорско-Балтийском канале имеется много других трасс, которые соединяют наиболее важные пункты, расположенные на берегах Онежского озера и озера Выгозеро. В Онежское озеро впадает много рек, из которых наиболее крупными являются Вытегра, Водла и Андома, судоходные в нижнем течении. Из Онежского озера вытекает одна река Свирь, сток которой зарегулирован двумя гидроузлами.